L'archipel japonais est long d'environ 2 200 km, il comprend quatre grandes îles, du nord-est au sud-ouest : Hokkaido, Honshu( la plus grande), Shikoku et Kyushu. le Japon a d'abord fait partie du continent asiatique, puis il s'en est détaché à l'ère cénozoïque. 

Au nord, Hokkaido est traversée par une chaîne volcanique qui culmine au Daisetsu. Elle est rejointe au sud-ouest par un autre massif qui a pris naissance non loin du cap Soya au nord-ouest. Ces deux massifs se scindent près du golfe d'Uchiura et du détroit de Tsugaru qui séparent Hokkaido d'Honshu pour réapparaître au nord d'Honshu sous la forme de deux chaînes parallèles.

Les fractures et le jeu des plaques tectoniques explique le volcanisme encore actif et la séismicité du japon.

On recense plus de 250 volcans dont une trentaine encore en activité. Le Japon subit plus de 5000 secousses sismiques par an.

Les tremblements de terre sont souvent accompagnés d'importants
raz-de-marée (tsunami), les épicentres de ces secousses étant alors situés dans les fonds sous-marins.

En 1995, le tremblement de terre de Kobe, d'une amplitude de sept
points sur l'échelle de Richter, a encore fait près de 5 000 victimes.

L'autre fléau naturel qui frappe le Japon sont les glissements de terrain, fréquents dans les secteurs argileux de l'archipel.

Les rivières et les fleuves japonais sont courts, avec une pente très forte; ils sont anormalement larges en raison du volume d'eau important qu'ils doivent écouler en un laps de temps très court. Le plus long est le Shinano (369 km). Parmi les cours d'eau importants, il faut citer le Tone (322 km), qui draine la plaine de Tokyo.
 
Les autres grandes rivières de Honshu sont le Kitakami, le Tenryu et le Mogami. Les rivières participent à l'irrigation des rizières. Quant aux lacs, d'origine tectonique ou volcanique, ils sont nombreux : le plus grand est le lac Biwa (674 km2), qui alimente en eau douce Osaka et Kyoto. 

Les sources naturelles d’eau chaude (appelées Onsen) nombreuses et très populaires. Elles ont souvent été aménagées en bains publics, hôtels ou stations thermales pour les séjours de villégiature et retraites de santé. On peut par exemple s'y baigner dans des 'baignoires' naturelles de 40°C à 65°C.

Le milieu naturel est inhospitalier et pauvre. Tout ce qui fait la richesse du pays a été arraché par une lutte millénaire du peuple contre les éléments. L'eau est peut-être la seule richesse naturelle du Japon. 

C'est elle qui a permis les cultures irriguées, c'est encore elle qui entretient la couverture forestière, qui a permis au Japon de surpasser les meilleurs rendements agricoles mondiaux (le Japon couvre à lui seul 71% de ses besoins alimentaires) et de se doter d'un potentiel hydroélectrique qu'il exploite systématiquement. 

Les ressources minérales sont tout aussi limitées; en dehors de quelques gisements de charbon surexploités, le pays est obligé d'importer la majeure partie des matières premières nécessaires à son industrie.

On distingue plusieurs types de paysages. Dans le nord et l'est d'Hokkaido, les conifères forment la majorité du couvert végétal, associés au bouleau et au frêne.

La forêt tempérée réunit feuillus et conifères (chênes, hêtres, érables, thuyas, pins rouges et noirs) au nord de Honshu. Ensuite, la forêt de type pénétropical s'observe à l'ouest (conifères, chênes se trouvent mêlés aux bambous, magnolias et chênes verts). 

Les conifères issus du reboisement sont désormais majoritaires mais les espèces insulaires comme le sugi, ou cèdre du Japon, qui atteint parfois une hauteur de 46 m, constituent encore des massifs importants. 

À Kyushu, Shikoku, et dans le sud de Honshu, ce sont les arbres de la végétation subtropicale que l'on rencontre, tels le bambou, le camphrier et le banian; on y cultive aussi l'arbre à thé et l'arbre à cire

Le Japon compte 127 millions d'habitants en 2007.
La société japonaise est ethniquement et linguistiquement très uniforme avec 99 % de la population parlant japonais. Le 1 % restant est constitué principalement de population d'immigrants venu de Corée et de Chine, ainsi que la petite minorité indigène des Aïnus d'Hokkaïdo
L'espérance de vie y est la plus élevée au monde puisqu'elle était estimée en 2001 à 84,7 ans pour les femmes et à 77,96 ans pour les hommes.
65,8% des habitants vivent en zone urbaine. La densité de population est élevée avec 337,4 habitants/km² sur l'ensemble du Japon et de 1523 habitants/km² en ne considérant que les zones habitables. Plus de 50% de la population vit sur 2% du pays.

Depuis 2005, la population japonaise a cessé de s'accroître.
Le taux de natalité est très bas au Japon, ce qui explique la part considérable de la population constituée par les personnes âgées. L'État encourage la natalité en offrant 5000 yens par mois et par enfant jusqu'à l'âge de 3 ans.

En 2007, 11 millions de Japonais ont plus de 75 ans, ce qui pose la question du financement des retraites. Face à ce défi, le gouvernement a décidé d'élever progressivement l'âge du départ à la retraite de 60 à 65 ans. En octobre 2007, le pays devrait compter 32 000 centenaires